黄豆发芽后做豆浆有毒的说法没有科学依据。轻微发芽的黄豆做出豆浆口感可能要比没发芽的黄豆差点，但不存在有毒一说，而且其营养可能更丰富。
首先，黄豆的含钙量很高，但同时也含有大量影响钙质吸收的植酸，而在发芽过程中，植酸被分解了，能促进钙的利用和吸收。而且黄豆还含有不能被人体吸收、易引起腹胀的棉子糖等物质，这类物质在发芽过程中急剧下降，减少了喝豆浆以后腹胀现象的发生。
此外，发芽的黄豆既保留了原有的营养，还增加了新的维生素。例如，还原性维生素C从无到有，胡萝卜素和B族维生素也大大增加。而在发芽过程中由于酶的作用，更多的钙、磷、铁、锌等矿物质元素被释放出来。
要注意的是，轻微发出一点小芽的黄豆可以用来做豆浆，但已经发芽很长的黄豆就已经是豆芽了，其性状不适合用来做豆浆，出浆率不会很高。
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